我平时没有做笔记写记录的习惯, 但是这周听完 Sobereva 老师的计算化学课之后就想着要不要给自己也搭个博客玩玩。一个是感觉也到了该写东西记录生活的时候了, 不借助点工具光靠记忆力以后肯定要忘记一些东西。还有就是既然决定要做计算化学這個方向了, 不写点博客就感觉不像在和计算机打交道（？
今年 2 月开始做的 fyp 选择的是计算化学方向。其实当时提交申请表的时候我对计算化学啥都不知道, 只想着不像去实验室想待在电脑前面工作, 就在申请表上的 specifi c里快乐的写上了 Density functional theory in computational chemistry project. 然后就跟着 George Darling 老师做了一个学期的第一性原理计算, 用 vasp 算水分子在金属镍 (110) 表面上的吸附能和解离能。当时刚拿到這個 topic 的时候, George 给我发了一堆 vasp 的输入文件还有一个 slurm 队列的 .sh 脚本, 叫我申请一个学校 hpc(Barkla) 的登录权限就能开始算了。周五拿到服务器权限后我就开始对着教程学怎么用 Linux, 原本想着趁這個周末完全上手 Linux, 结果折腾了 3 天还是跑不起来。就在头晕眼花不知道怎么办的时候搜到了 Sob 老师的博客 sobereva.com , 还有科音的论坛 bbs.keinsci.com, 里面有几篇关于 vasp 安装运行的贴子。然而我看完之后头更晕了, 因为那几篇是讲怎么自己编译 vasp 的, 而在 Barkla 上所有任务都要通过队列提交, 我连别人写好的提交脚本用不了。就这样到了周一 George 回我邮件里说他忘记通知管理员给我使用 vasp 的权限了, 而且发给我的脚本的版本好像有点不对。等权限一改好, 我就成功的跑起 vasp 了, 开始了一学期的快乐摸鱼生活。
虽然科音的贴子还有加了群之后我没有得到我想要的答案（后来了解到好像 sob 老师不是很清楚具体 vasp 相关的东西hhhhhh
但是平时就常常逛逛论坛看看 sob 老师的博文, 半懂不懂了解一些计算化学相关的知识（唯一看得懂是二次元 tag 下的
这次参加完计算化学初级班的培训之后收获颇大, 虽然理论部分 Y2, Y3 的物化课上都讲过, 但是再听一遍下来原来有点模糊不清的地方都感觉有点弄懂了。对着实例操纵 Gaussian 的时候觉得这东西真的太方便了, 要是我早点学会 Gaussian, 我这两年实验报告里给各种谱 Assign peaks 就不用那么头疼。最后还体验了一次反向跑毒, 到温州后社区的工作人员打电话过来问 怎么又是你要隔离？今天找基鹏帮忙把這個博客在 Github 上搭起来, 准备把我这段时间所有和 Linux 打交道的过程都整理一下, 今天先把折腾博客的东西整理一下, 然后是给我的笔记本和虚拟机里装 Centos8。刚好上周装的 Centos8 又出了点问题, 培训这几天都是用 VMware15 虚拟机跑 Gaussian 和 GaussView。不过感觉虚拟机反而方便些, 还不用费心折腾梯子。但想到上周大战 Linux 到第二天下午才装好 Centos8 和 Gaussian, 不记录一下感觉有点可惜。
而开头也说了我以前没有记东西的习惯, 可能写了几篇就嫌弃麻烦跑路, 也不知道這個博客会不会有人看hhhh
最后趁这是博客的第一篇博文, 希望我8月9月能顺利回到英国, 牛津四年的博士生涯能够顺利毕业。
19/06/2020 温州, 隔离中